Il territorio di Villacidro è abitato fin dalla preistoria, vari ritrovamenti databili al neolitico e all’età del rame sono stati rinvenuti nella zona di Seddanus, Cannamenda, Seddus e lungo il rio Villascema e il rio Leni, dove sono stati scoperti manufatti in ossidiana.

La civiltà nuragica ha lasciato cospicue tracce come il villaggio di Cottega e i nuraghi Narti, Nuraxi, Cuccur’e Crabas, Cuccuru Muntoni e Genna Uraxi.

In epoca romana il territorio appare intensamente popolato come testimoniano una necropoli e i resti di due terme.

Il centro abitato sorse forse in questo periodo per via della fertilità del suolo; un altro centro abitato nelle vicinanze era quello di Leni.

Nel medioevo Villacidro era nota come Xedri de Leni e fece parte del giudicato di Cagliari, nella curatoria di Gippi.

Alla caduta del giudicato 1258 passa sotto il dominio pisano, e dopo la conquista aragonese della Sardegna nel 1328 appare nei documenti come Villacidro de Leeni.

Sia Leni che Villacidro risultano spopolati all’inizio del XV secolo ma si ripresero nei decenni successivi.

Il paese in epoca aragonese e spagnola passò sotto il controllo di diverse famiglie di feudatari tra cui i Civiller, i Gerp e i Brondo.

Nel 1690, sotto gli spagnoli, venne compreso nel marchesato di Villacidro, concesso ai Brondo.

Dai Brondo passò per linea femminile ai Bon Crespi di Valdaura, ai quali fu riscattato nel 1839 con la soppressione del sistema feudale, per cui divenne un comune amministrato da un sindaco e da un consiglio comunale.

A partire dal 1720 passò come il resto dell’isola ai Savoia.

Dal 1807 al 1821, Villacidro fu sede di una delle 15 prefetture istituite in Sardegna dal governo Sabaudo;

Durante la seconda guerra mondiale dal 10 giugno 1940 arriva l’8º Stormo che resta fino alla metà del successivo mese di settembre.